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NextSeq2000 PE300測序服務(wù)

abiostar — Wed, 09 Apr 2025 06:30:53 +0000

NextSeq1000/2000為Illumina 2020年推出的中通量測序儀器，該系列儀器相比于NextSeq500/550有更高的通量，價格也更便宜，相交Miseq儀器有更好的測序質(zhì)量。NextSeq 2000是從零開始設(shè)計打造的，能極大限度地滿足未來的需求，為高通量應(yīng)用提供測序能力。它可為不斷變化的需求和更廣泛的研究提供可擴(kuò)展性，支持各種各樣的應(yīng)用，包括：環(huán)境微生物研究，BCR/TCR免疫組研究，動植物基因組測序等。

當(dāng)前，NextSeq2000可以提供以下測序能力服務(wù)：

通過對比Miseq測序數(shù)據(jù)，NextSeq2000 產(chǎn)出的2×300 bp數(shù)據(jù)無論在測序質(zhì)量Q30，還是結(jié)果一致性上均達(dá)到并超出（如下圖），可以完全替代Miseq測序平臺提供更高性價比的測序解決方案。

NextSeq2000 PE300測序數(shù)據(jù)在多種文庫類型（擴(kuò)增子，16S/ITS文庫，BCR抗體文庫等）測序質(zhì)量表現(xiàn)，整體Q30 (%)在85~95之間，R1 Q30 (%) 在85~98之間，R2 Q30 (%) 在80~95之間。

NextSeq2000 PE300測序數(shù)據(jù)與Miseq數(shù)據(jù)在環(huán)境樣本屬水平上有一致的鑒定結(jié)果。

價格和周期：

分類	類型	價格	TAT
樣本純化	磁珠純化	100	2-3工作日
illumina建庫	DNA小片段文庫	200	2-3工作日
測序	PE300/PE250 (M)	220	3-5工作日

備注：
1. 建庫費用含QC費用。核酸通過QC的樣品，建庫成功按照正常流程收費，若建庫失敗不收取費用（默認(rèn)嘗試兩次）；
2. 客戶樣品評為風(fēng)險建庫或者不合格樣品時，客戶繼續(xù)要求建庫的，無論結(jié)果成功與否；每輪建庫正常收取一次建庫費用；
3. Illumina PE300/250散樣測序1M reads數(shù)據(jù)量起接單, 暫時不接包lane測序，默認(rèn)發(fā)貨為PF data.
4. Illumina雙鏈散樣DNA文庫要求總量＞50ng（去除用于質(zhì)檢的2ul后）,濃度＞2.5ng/ul；包lane要求總量＞150ng，濃度＞3ng/μL。

基于5’RACE和Miseq平臺的抗體基因全長快速測序

abiostar — Sun, 07 Mar 2021 09:12:59 +0000

多快？3-5個工作日完成！
多貴？低于700元/樣本的價格！
多準(zhǔn)？高于Sanger 的序列結(jié)果！

為什么選擇5’RACE方法進(jìn)行擴(kuò)展？

大家都知道，分析可變區(qū)時，設(shè)計一個通用引物來擴(kuò)增所有的抗體序列是異常困難的。重鏈和輕鏈5’端的天然可變性決定了序列同源性很低。這也就決定了在5’端設(shè)計多條引物的多重PCR法，先天性地會遺漏部分抗體可變區(qū)序列，造成結(jié)果不夠全面。一個有效的分析這些可變區(qū)域的方法是在可變區(qū)下游的保守區(qū)設(shè)計簡并引物。后續(xù)可以使用5’RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)方法克隆這段目的區(qū)域，之后再進(jìn)行測序。使用SMARTer RACE cDNA擴(kuò)增試劑盒，在反轉(zhuǎn)錄過程中將SMARTer II A寡核苷酸添加到cDNA的末端，使得該位點能夠用于下游擴(kuò)增和克隆。使用SMARTer RACE kits具有足夠的靈敏度，可以獲得全部5’端的信息。

以合成的cDNA作為模板，根據(jù)NCBI核酸數(shù)據(jù)庫注冊的lgG的序列，設(shè)計了針對H鏈, L (κ)鏈, 或L (λ)鏈的反轉(zhuǎn)錄引物（RT primer）以及RACE PCR所需的反向引物（5′ RACE primer）進(jìn)行擴(kuò)增，得到帶有VDJ可變區(qū)全部序列的DNA片段。取一部分PCR反應(yīng)液進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳確認(rèn)片段長度大小，應(yīng)集中于550bp長度附近。擴(kuò)增產(chǎn)物再進(jìn)行下一步的測序工作得到其對應(yīng)的抗體序列。

Basic Antibody Structure

為什么選擇Miseq測序平臺？

Miseq測序平臺是illumina公司于2011年推出的小型測序平臺，并于2018年獲得中國國家藥品監(jiān)督管理局(CNDA)的批準(zhǔn)文書用于臨床體外診斷檢測。從推出至今，已服務(wù)超過十年的DNA測序需求，其數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確度高，測序通量大和單堿基測序成本低等特點，持續(xù)地被各大醫(yī)院，臨檢公司等使用。

Miseq測序平臺是目前唯一能夠提供高質(zhì)量的600bp讀長的二代測序設(shè)備。這個讀長也正好滿足了上述5’RACE建庫得到的擴(kuò)增產(chǎn)物測序。由于Miseq測序平臺一次能夠完成對上千萬條片段進(jìn)行測序，其通量可以實現(xiàn)大規(guī)模單克隆樣本的測序或者免疫組庫測序，且其單位測序成本遠(yuǎn)低于Sanger方法的成本。

Miseq測序平臺的數(shù)據(jù)質(zhì)量。超過90%的測序堿基質(zhì)量是高于Q30，也就意味著他們的測序錯誤的概率是低于千分之一的。

蘇州百達(dá)提供的服務(wù)

基于5’RACE全面準(zhǔn)確的建庫方法和Miseq測序平臺的高質(zhì)量，高通量的測序能力，我們能夠提供快速準(zhǔn)確地抗體基因發(fā)現(xiàn)服務(wù)：

3-5個工作日的高通量雜交瘤抗體基因測序服務(wù)；
快速的免疫組庫測序服務(wù)；
快速的抗體文庫測序服務(wù)；

單細(xì)胞測序技術(shù)

abiostar — Sat, 19 Dec 2020 07:00:28 +0000

單細(xì)胞測序技術(shù)是在單個細(xì)胞水平上對基因組或者轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序，從而分析相同表型細(xì)胞的遺傳異質(zhì)性，或獲得難以培養(yǎng)微生物的遺傳信息。單細(xì)胞測序技術(shù)，在這兩年得到了蓬勃發(fā)展。一些高通量的單細(xì)胞測序平臺開始為大家所熟知，其中以10X genomics單細(xì)胞測序平臺因為出色表現(xiàn)最為大家接受。

10x Genomics最新的Chromium系統(tǒng)利用油包水的微反應(yīng)體系，通過序列標(biāo)簽區(qū)別群體中的不同細(xì)胞，獲得單細(xì)胞水平的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，可實現(xiàn)數(shù)千甚至數(shù)萬個單細(xì)胞群體分析。該平臺通過油滴-barcode-單細(xì)胞的對應(yīng)關(guān)系，實現(xiàn)真正意義上的單細(xì)胞測序，單個樣本細(xì)胞檢測數(shù)最高可達(dá)1000-10000個，其所建的文庫與Illumina各種型號的平臺高度兼容。

單細(xì)胞測序技術(shù)給抗體篩選帶來了重大變革。利用該技術(shù)可以從病人外周血淋巴細(xì)胞中獲得抗原特異性的單個記憶性B細(xì)胞，并針對單個細(xì)胞的抗體的重鏈和輕鏈進(jìn)行RT-PCR，從而獲得人源的單克隆抗體。單個B細(xì)胞測序技術(shù)可以快速、高效地分離鑒定出抗原特異性的中和抗體，具有廣闊的應(yīng)用前景。

下圖展示了基于10X Chromium單細(xì)胞平臺進(jìn)行抗體VDJ基因序列建庫的流程圖。

目前，利用單個B細(xì)胞測序技術(shù)已經(jīng)篩選和鑒定出多種病毒的中和抗體。Scheid等利用FACS法從感染艾滋病毒的患者中分離到對HIV抗原有親和力的記憶性B細(xì)胞，并從中篩選到大量的HIV-1特異性的中和抗體。Tsioris等通過單細(xì)胞測序技術(shù)從人B細(xì)胞中鑒定出針對西尼羅河病毒的中和抗體。Wang等[34]從中國寨卡康復(fù)病人體內(nèi)鑒定出高效、特異的寨卡病毒單克隆抗體。該抗體能在小鼠模型上有效治療寨卡病毒感染，有望成為治療寨卡病毒感染的候選藥物。類似地，Cox 等從人抗原特異性記憶B細(xì)胞中篩選到登革病毒的中和抗體。