免疫組庫是指在任何指定時間,個體的循環(huán)系統(tǒng)內(nèi)所有功能多樣性B細胞和T細胞的總和,又可以細分為B細胞受體庫(B cell receptor Repertoire),T細胞受體庫(Tcell receptor Repertoire)。免疫組庫測序(Immune Repertoire sequencing(IR-SEQ))是以 B/T 淋巴細胞為研究目標,以多重PCR或5’RACE技術(shù)目的擴增決定B細胞受體(BCR)或T細胞受體(TCR)多樣性的互補決定區(qū)(CDR區(qū)),再結(jié)合高通量測序技術(shù)以及生物信息學(xué)手段,得到其可變區(qū)(VH),多變區(qū)(DH),結(jié)合區(qū)(JH)和恒定區(qū)(CH)的基因片段序列信息,全面評估免疫系統(tǒng)的多樣性變化,深入挖掘免疫組庫與疾病的關(guān)系。
我公司利用RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)技術(shù)和公司特有的免疫組庫特異擴增引物集進行可變區(qū)的擴增。通過利用Illumina Miseq測序平臺,能夠低成本和短周期的完成序列測序工作,得到全面準確的B/T淋巴細胞可變區(qū)組成及多樣性信息。當(dāng)前,我司提供人,小鼠,豬,狗,駱駝和兔物種的BCR免疫組測序,及人和小鼠的TCR免疫組庫測序。
免疫組庫測序服務(wù)流程
以RNA為起始材料,使用RACE法對BCR重鏈/輕鏈,TCR alpha/beta鏈分別構(gòu)建測序文庫,然后采用Illumina MiSeq 300PE平臺,獲得完整的基因可變區(qū)序列。
免疫組庫測序送樣要求
- RNA 樣品總量: ≥2 μg;組織樣本(動物):>300 mg;細胞樣本:>10萬個;
- 提供樣本來源的種屬信息 。
免疫組庫測序周期和交付結(jié)果
- 交付周期:10-15個工作日;
- 測序數(shù)據(jù)量:重鏈輕鏈各自提供大約0.5-1百萬條測序讀長(0.5-1M);
- 交付結(jié)果:
- 基本數(shù)據(jù)QC及統(tǒng)計;
- 比對物種參考抗體基因序列庫并進行統(tǒng)計分析;
- 克隆序列特征注釋: CDR1/2/3, FR1/2/3/4核酸序列,氨基酸序列注釋;
- 樣本克隆群體特征分析:CDR3序列長度分析,VDJ基因頻率統(tǒng)計及V-J基因組合頻率分析;
- 樣本間比較分析:測序飽和度分析,樣本間相關(guān)性分析等。
免疫組庫測序服務(wù)優(yōu)勢
- 全方位服務(wù),提供從VDJ擴增,建庫,測序和生信分析一站式服務(wù);
- 采用特有的5′ RACE擴增技術(shù),及準確的擴增引物體,全面提升可變區(qū)序列檢出;
- 采用分子標簽(UMI)的擴增技術(shù),降低因擴增效率不同所引起的豐都差異;
- 豐富的分析內(nèi)容,提供可變區(qū)序列,抗體基因,多樣本比較等全方位分析服務(wù);
- 合理的價格及快速的服務(wù)周期,幫助客戶提高生產(chǎn)效率。
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