欢乐颂第三季,重生之毒妃 梅果 小说 http://llwsb.cn 抗體基因測序，合成和表達一站式解決專家 Wed, 09 Apr 2025 06:44:46 +0000 zh-CN hourly 1 https://wordpress.org/?v=5.1.19 http://llwsb.cn/wp-content/uploads/2020/12/cropped-coin_antibody-1-32x32.png Miseq – 蘇州百達生物科技有限公司 http://llwsb.cn 32 32 NextSeq2000 PE300測序服務(wù) http://llwsb.cn/index.php/2025/04/09/nextseq2000-pe300-sequencing-service/ Wed, 09 Apr 2025 06:30:53 +0000 http://llwsb.cn/?p=426 NextSeq1000/2000為Illumina 2020年推出的中通量測序儀器，該系列儀器相比于NextSeq500/550有更高的通量，價格也更便宜，相交Miseq儀器有更好的測序質(zhì)量。NextSeq 2000是從零開始設(shè)計打造的，能極大限度地滿足未來的需求，為高通量應(yīng)用提供測序能力。 它可為不斷變化的需求和更廣泛的研究提供可擴展性，支持各種各樣的應(yīng)用，包括：環(huán)境微生物研究，BCR/TCR免疫組研究，動植物基因組測序等。

當(dāng)前，NextSeq2000可以提供以下測序能力服務(wù)：

通過對比Miseq測序數(shù)據(jù)，NextSeq2000 產(chǎn)出的2×300 bp數(shù)據(jù)無論在測序質(zhì)量Q30，還是結(jié)果一致性上均達到并超出（如下圖），可以完全替代Miseq測序平臺提供更高性價比的測序解決方案。

NextSeq2000 PE300測序數(shù)據(jù)在多種文庫類型（擴增子，16S/ITS文庫，BCR抗體文庫等）測序質(zhì)量表現(xiàn)，整體Q30 (%)在85~95之間，R1 Q30 (%) 在85~98之間，R2 Q30 (%) 在80~95之間。
NextSeq2000 PE300測序數(shù)據(jù)與Miseq數(shù)據(jù)在環(huán)境樣本屬水平上有一致的鑒定結(jié)果。

價格和周期：

分類類型價格TAT
樣本純化磁珠純化1002-3工作日
illumina建庫DNA小片段文庫2002-3工作日
測序PE300/PE250 (M)2203-5工作日

備注：

1. 建庫費用含QC費用。核酸通過QC的樣品，建庫成功按照正常流程收費，若建庫失敗不收取費用（默認嘗試兩次）；

2. 客戶樣品評為風(fēng)險建庫或者不合格樣品時，客戶繼續(xù)要求建庫的，無論結(jié)果成功與否；每輪建庫正常收取一次建庫費用；

3. Illumina PE300/250散樣測序1M reads數(shù)據(jù)量起接單, 暫時不接包lane測序，默認發(fā)貨為PF data.

4. Illumina雙鏈散樣DNA文庫要求總量＞50ng（去除用于質(zhì)檢的2ul后）,濃度＞2.5ng/ul；包lane要求總量＞150ng，濃度＞3ng/μL。

]]> 基于5’RACE和Miseq平臺的抗體基因全長快速測序 http://llwsb.cn/index.php/2021/03/07/race-miseq-vdj-seq/ Sun, 07 Mar 2021 09:12:59 +0000 http://129.28.170.61/?p=338

多快？3-5個工作日完成！

多貴？低于700元/樣本的價格！

多準？高于Sanger 的序列結(jié)果！

為什么選擇5’RACE方法進行擴展？

大家都知道， 分析可變區(qū)時，設(shè)計一個通用引物來擴增所有的抗體序列是異常困難的。重鏈和輕鏈5’端的天然可變性決定了序列同源性很低。這也就決定了在5’端設(shè)計多條引物的多重PCR法，先天性地會遺漏部分抗體可變區(qū)序列，造成結(jié)果不夠全面。一個有效的分析這些可變區(qū)域的方法是在可變區(qū)下游的保守區(qū)設(shè)計簡并引物。后續(xù)可以使用5’RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)方法克隆這段目的區(qū)域，之后再進行測序。 使用SMARTer RACE cDNA擴增試劑盒，在反轉(zhuǎn)錄過程中將SMARTer II A寡核苷酸添加到cDNA的末端， 使得該位點能夠用于下游擴增和克隆 。 使用SMARTer RACE kits具有足夠的靈敏度，可以獲得全部5’端的信息。

以合成的cDNA作為模板， 根據(jù)NCBI核酸數(shù)據(jù)庫注冊的lgG的序列，設(shè)計了針對H鏈, L (κ)鏈, 或L (λ)鏈的反轉(zhuǎn)錄引物（RT primer）以及RACE PCR所需的反向引物（5′ RACE primer）進行擴增，得到帶有VDJ可變區(qū)全部序列的DNA片段。 取一部分PCR反應(yīng)液進行瓊脂糖凝膠電泳確認片段長度大小，應(yīng)集中于550bp長度附近。擴增產(chǎn)物再進行下一步的測序工作得到其對應(yīng)的抗體序列。

Basic Antibody Structure

為什么選擇Miseq測序平臺？

Miseq測序平臺是illumina公司于2011年推出的小型測序平臺，并于2018年獲得中國國家藥品監(jiān)督管理局(CNDA)的批準文書用于臨床體外診斷檢測。從推出至今，已服務(wù)超過十年的DNA測序需求，其數(shù)據(jù)的準確度高，測序通量大和單堿基測序成本低等特點，持續(xù)地被各大醫(yī)院，臨檢公司等使用。

Miseq測序平臺是目前唯一能夠提供高質(zhì)量的600bp讀長的二代測序設(shè)備。這個讀長也正好滿足了上述5’RACE建庫得到的擴增產(chǎn)物測序。由于Miseq測序平臺一次能夠完成對上千萬條片段進行測序，其通量可以實現(xiàn)大規(guī)模單克隆樣本的測序或者免疫組庫測序，且其單位測序成本遠低于Sanger方法的成本。

Miseq測序平臺的數(shù)據(jù)質(zhì)量。超過90%的測序堿基質(zhì)量是高于Q30，也就意味著他們的測序錯誤的概率是低于千分之一的。

蘇州百達提供的服務(wù)

基于5’RACE全面準確的建庫方法和Miseq測序平臺的高質(zhì)量，高通量的測序能力，我們能夠提供快速準確地抗體基因發(fā)現(xiàn)服務(wù)：

]]> 抗體文庫測序 http://llwsb.cn/index.php/2021/02/12/antiobody-library-sequence/ Fri, 12 Feb 2021 14:35:26 +0000 http://129.28.170.61/?p=300 抗體文庫是指采用聚合酶鏈反應(yīng)等手段在體外獲得成套抗體可變區(qū)輕重鏈基因，將這些基因重組入一定的載體，轉(zhuǎn)入適當(dāng)?shù)氖荏w細胞或噬菌體中，這些抗體基因克隆的集合體。從該文庫中能夠表達和篩選出所需的單克隆抗體。目前主要利用噬菌體展示篩選技術(shù)或酵母表面展示技術(shù)來對抗體文庫進行表達和篩選。

基于高通量測序的抗體文庫測序能夠檢測原始合成的抗體文庫抗體基因組成及各自豐度，用于實驗前的QC工作。在進行抗原篩選后，抗體文庫測序能夠發(fā)現(xiàn)與抗原高親和力結(jié)合的抗體序列，并用于下游優(yōu)化合成表達。

抗體文庫測序服務(wù)流程

以文庫DNA為起始材料，特異性擴增BCR重鏈和輕鏈可變區(qū), 構(gòu)建測序文庫并進行高通量測序。采用Illumina MiSeq 300PE平臺， 獲得完整的基因可變區(qū)；或采用PacBio三代測序獲得抗體轉(zhuǎn)錄本全長序列。

抗體文庫測序送樣要求

  1. DNA 樣品總量: ≥200 ng；菌體樣本：＞4ml（對數(shù)期）；
  2. 樣本物種包括：人，小鼠，豬，狗，駱駝等IMGI數(shù)據(jù)庫中已有參考抗體基因的物種。

抗體文庫測序周期和交付結(jié)果

  • 交付周期：10-15個工作日；
  • 測序數(shù)據(jù)量：重鏈輕鏈各自提供大約0.5-1百萬條測序讀長（0.5-1M)，全長三代測序提供5千-1萬條測序讀長序列；
  • 交付結(jié)果：
    1. 基本數(shù)據(jù)QC及統(tǒng)計；
    2. 比對物種參考抗體基因序列庫并進行統(tǒng)計分析；
    3. 克隆序列特征注釋： CDR1/2/3， FR1/2/3/4核酸序列，氨基酸序列注釋；
    4. 樣本克隆群體特征分析：CDR3序列長度分析，VDJ基因頻率統(tǒng)計及V-J基因組合頻率分析；
    5. 樣本間比較分析：測序飽和度分析，樣本間相關(guān)性分析等。

抗體文庫測序服務(wù)優(yōu)勢

  • 全方位服務(wù)，提供從VDJ擴增，建庫，測序和生信分析一站式服務(wù)；
  • 采用準確的擴增引物體，全面提升可變區(qū)序列檢出；
  • 豐富的分析內(nèi)容，提供可變區(qū)序列，抗體基因，多樣本比較等全方位分析服務(wù)；
  • 合理的價格及快速的服務(wù)周期，幫助客戶提高生產(chǎn)效率。
]]> 免疫組庫測序 http://llwsb.cn/index.php/2021/02/12/immunoseq/ Fri, 12 Feb 2021 14:03:58 +0000 http://129.28.170.61/?p=289 免疫組庫是指在任何指定時間，個體的循環(huán)系統(tǒng)內(nèi)所有功能多樣性B細胞和T細胞的總和，又可以細分為B細胞受體庫（B cell receptor Repertoire），T細胞受體庫（Tcell receptor Repertoire）。免疫組庫測序（Immune Repertoire sequencing(IR-SEQ)）是以 B/T 淋巴細胞為研究目標，以多重PCR或5’RACE技術(shù)目的擴增決定B細胞受體（BCR）或T細胞受體（TCR）多樣性的互補決定區(qū)（CDR區(qū)），再結(jié)合高通量測序技術(shù)以及生物信息學(xué)手段，得到其可變區(qū)（VH），多變區(qū)（DH），結(jié)合區(qū)（JH）和恒定區(qū)（CH）的基因片段序列信息，全面評估免疫系統(tǒng)的多樣性變化，深入挖掘免疫組庫與疾病的關(guān)系。

我公司利用RACE（Rapid Amplification of cDNA Ends)技術(shù)和公司特有的免疫組庫特異擴增引物集進行可變區(qū)的擴增。通過利用Illumina Miseq測序平臺，能夠低成本和短周期的完成序列測序工作，得到全面準確的B/T淋巴細胞可變區(qū)組成及多樣性信息。當(dāng)前，我司提供人，小鼠，豬，狗，駱駝和兔物種的BCR免疫組測序，及人和小鼠的TCR免疫組庫測序。

免疫組庫測序服務(wù)流程

以RNA為起始材料，使用RACE法對BCR重鏈/輕鏈，TCR alpha/beta鏈分別構(gòu)建測序文庫，然后采用Illumina MiSeq 300PE平臺，獲得完整的基因可變區(qū)序列。

免疫組庫測序送樣要求

  • RNA 樣品總量: ≥2 μg；組織樣本（動物）：>300 mg；細胞樣本：>10萬個；
  • 提供樣本來源的種屬信息 。

免疫組庫測序周期和交付結(jié)果

  1. 交付周期：10-15個工作日；
  2. 測序數(shù)據(jù)量：重鏈輕鏈各自提供大約0.5-1百萬條測序讀長（0.5-1M)；
  3. 交付結(jié)果：
    • 基本數(shù)據(jù)QC及統(tǒng)計；
    • 比對物種參考抗體基因序列庫并進行統(tǒng)計分析；
    • 克隆序列特征注釋： CDR1/2/3， FR1/2/3/4核酸序列，氨基酸序列注釋；
    • 樣本克隆群體特征分析：CDR3序列長度分析，VDJ基因頻率統(tǒng)計及V-J基因組合頻率分析；
    • 樣本間比較分析：測序飽和度分析，樣本間相關(guān)性分析等。

免疫組庫測序服務(wù)優(yōu)勢

  • 全方位服務(wù)，提供從VDJ擴增，建庫，測序和生信分析一站式服務(wù)；
  • 采用特有的5′ RACE擴增技術(shù)，及準確的擴增引物體，全面提升可變區(qū)序列檢出；
  • 采用分子標簽（UMI)的擴增技術(shù)，降低因擴增效率不同所引起的豐都差異；
  • 豐富的分析內(nèi)容，提供可變區(qū)序列，抗體基因，多樣本比較等全方位分析服務(wù)；
  • 合理的價格及快速的服務(wù)周期，幫助客戶提高生產(chǎn)效率。

]]> 高通量測序技術(shù) http://llwsb.cn/index.php/2020/12/19/ngs/ Sat, 19 Dec 2020 06:12:32 +0000 http://129.28.170.61/?p=132 高通量測序技術(shù)（High-throughput sequencing）又稱“下一代”測序技術(shù)（”Next-generation” sequencing technology），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。高通量測序是相對于傳統(tǒng)的桑格測序（Sanger Sequencing）而言的。目前高通量測序的主要平臺代表有羅氏公司(Roche)的454測序儀（Roch GS FLX sequencer），Illumina公司的Solexa基因組分析儀（Illumina Genome Analyzer）和ABI的SOLiD測序儀（ABI SOLiD sequencer）。

Illumina新一代測序（NGS）技術(shù)采用克隆擴增和邊合成邊測序（SBS）的測序化學(xué)技術(shù)，實現(xiàn)了快速、準確的測序。該過程可在將DNA堿基整合到核酸鏈的同時對其進行識別。每個堿基在加入不斷延伸的鏈時會發(fā)出獨特的熒光信號，該信號可用于確定DNA序列的順序。

NGS技術(shù)能用于任何生物體的DNA測序，幾乎可為所有生物學(xué)問題提供有價值的信息。DNA測序是一項高度可擴展的技術(shù)，可通過多種方法應(yīng)用于小的目標區(qū)域或整個基因組，讓研究人員能夠探究與任何生物的基因組、轉(zhuǎn)錄組或表觀基因組相關(guān)的幾乎所有問題。新一代測序（NGS）的主要區(qū)別在于DNA或RNA樣本的制備方法和使用的數(shù)據(jù)分析選項。

Miseq平臺

Illumina公司推出的MiSeq是一臺在單個儀器上整合了擴增、測序和數(shù)據(jù)分析的新一代測序儀。MiSeq有著革命性的流程和無可比擬的準確性，這讓它成為快速且經(jīng)濟高效的DNA長片段測序的理想平臺，適合廣泛的應(yīng)用，已被FDA大量采購并即將通過FDA認證。Miseq提供測序讀長達到2x300bp的高質(zhì)量測序模式, 非常適合抗體VDJ基因序列測序高通量測序。

]]> 雜交瘤抗體基因測序 http://llwsb.cn/index.php/2020/04/23/hybridoma-miseq-sequence/ Thu, 23 Apr 2020 10:36:47 +0000 http://129.28.170.61/?p=1 雜交瘤細胞在保存過程中存在抗體基因丟失、細胞狀態(tài)不好影響抗體產(chǎn)生，甚至細胞死亡的情況，為將優(yōu)秀抗體長期保存、穩(wěn)定生產(chǎn)，可將雜交瘤細胞中的抗體基因提取并測序，最終拿到核苷酸序列，并以 DNA 形式保存，用于后期外源表達及生產(chǎn)。雜交瘤細胞抗體測序所獲取的雜交瘤細胞單克隆抗體基因序列，是發(fā)表文章或?qū)＠仨毿畔⒑椭亟M表達工程抗體的前提之一，同時也是抗體人源化工作的基礎(chǔ)。

我公司利用RACE（Rapid Amplification of cDNA Ends)技術(shù)和公司特有的抗體特異引物集進行雜交瘤抗體基因測序。通過利用Illumina Miseq測序平臺，能夠低成本和短周期的完成序列測序工作，得到準確的抗體VDJ基因序列。

雜交瘤抗體基因測序服務(wù)流程


雜交瘤抗體基因測序送樣要求

  1. 提供數(shù)量>1×10^6經(jīng)Trizol處理的細胞，處理方法如下：
    • 將培養(yǎng)的細胞和上清進行吹打，細胞量不少于1×10^6，要活細胞且狀態(tài)良好；
    • 收到細胞，離心，棄上清留沉淀，根據(jù)細胞量加1-2ml Trizol （1×10^6加1mL，5×106-1×10^7加2mL,1×10^8加3mL），-80℃保存，準備提 RNA；
  2. 提供雜交瘤細胞種屬來源信息及抗體亞型信息；

雜交瘤抗體基因測序周期和交付結(jié)果

  1. 交付周期：3-5個工作日
  2. 交付內(nèi)容：
    • 100%準確的抗體重鏈及輕鏈VDJ全長氨基酸和核酸序列；
    • VDJ全長序列對應(yīng)的FR1/2/3/4, CDR1/2/3注釋信息；
    • Word及PDF版的分析報告，方便項目匯報和歸檔 ；

雜交瘤抗體基因測序服務(wù)優(yōu)勢

  1. 3-5個工作日急速交付測序結(jié)果，加速單克隆抗體基因序列發(fā)現(xiàn)和研究生產(chǎn)速度；
  2. 采用特有的5′ RACE擴增技術(shù)，大大提升序列測序成功率，并能獲得單克隆基因的所有序列信息；
  3. 采用高通量測序方法可高效對抗體基因重輕鏈可變區(qū)序列進行測序；
  4. 經(jīng)驗豐富的引物設(shè)計及抗體基因分析能力；
  5. 多種屬（人，小鼠，大鼠，兔等）多亞型（IgG1, IgG2a, IgG2b, IgM 等）抗體均可進行基因提??；
  6. 可提供從雜交瘤抗體基因測序 — 抗體基因合成— 序列密碼子優(yōu)化 — 抗體蛋白表達— 抗體蛋白親和力驗證等整體服務(wù)；
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